Die ersten katholischen Diözesen in der Karibik wurden bereits im 15. Jahrhundert in Puerto Rico errichtet. Mit der Ankunft der Spanier verbreitete sich die katholische Religion auf exklusive und autoritäre Weise. Die überwiegende Mehrheit der Gemeinden auf der Insel verfügt über eine eigene Kirche, die oft auf dem zentralen Platz des Dorfes gegenüber dem Rathaus steht.insgesamt ist der Alltag der Puertoricaner von religiösen Festen und Ritualen geprägt. Die Kirchen sind bei den Sonntagsgottesdiensten oft gut gefüllt, auch wenn sie sich nach und nach leeren. Viele Puertoricaner danken Gott, bevor sie mit dem Essen beginnen. Ein Rosenkranz wird oft an den mittleren Rückspiegel des Familienautos gehängt. Der beste Indikator für den katholischen Eifer der Inselbewohner ist der Besuch eines Karnevals. Die Frage ist, ob die Leidenschaft und die Energie, die in die Vorbereitung des Festes gesteckt werden, ein katholisches oder einfach nur ein traditionelles Ritual ist. Jeder findet dort das, was er sehen möchte.
Der Protestantismus hat sich nach dem Spanisch-Amerikanischen Krieg auf der Insel entwickelt. Die erste protestantische Kirche auf Puerto Rico, die anglikanische Holly Trinity Church, wurde 1872 gegründet, durfte aber erst nach der Ankunft der Amerikaner 1898, als die Religionsfreiheit eingeführt wurde, die Glocken läuten. Baptisten, Methodisten und Presbyterianer bilden diese Gemeinschaft, deren Anhänger größtenteils behaupten, vom Katholizismus abzustammen. In den USA gibt es die höchste Konzentration von Evangelikalen in der Welt (fast 30 % der Bevölkerung), und Puerto Rico dürfte diesem Trend folgen. Einige Forscher gehen davon aus, dass die Evangelikalen in naher Zukunft 75 % der Bevölkerung von Puerto Rico ausmachen werden.
Puerto Rico beherbergt auch die größte jüdische Gemeinde in der Karibik und ist die einzige Insel, auf der alle drei Hauptströmungen des Judentums - orthodox, konservativ und reformiert - aktiv sind. Sie hat etwa 3.000 Mitglieder, die hauptsächlich Nachkommen der Einwanderer sind, die in den Stunden des nationalsozialistischen Deutschlands aus Europa kamen. Sie wurde durch eine zweite Welle ergänzt, die diesmal aus jüdischen Emigranten aus Kuba bestand, die vor den Hausdurchsuchungen flohen. Es gibt drei aktive Synagogen in San Juan und eine in Mayaguez. Koschere Lebensmittel sind auf der Insel erhältlich.
Die islamische Religion bleibt in der Karibik weitgehend unbekannt. Während unter den afrikanischen Sklaven der Islam zweifellos heimlich vertreten war, geht seine Einführung in Puerto Rico offiziell auf die Mitte des 20. Jahrhunderts zurück, als eine große Zahl von Palästinensern einwanderte. Heute gibt es auch eine pakistanische und ägyptische Gemeinde, die die Moscheen besucht. Die erste Moschee wurde 1981 in der Stadt Rio Piedras errichtet. Heute gibt es im ganzen Land neun Moscheen mit etwa 5.000 Anhängern.
Was den Volksglauben betrifft, so verehren die Puertoricanermit der Santería, die mit Voodoo vergleichbar ist, und trotz des Einflusses der katholischen und evangelischen Kirchen weiterhin bestimmte Yoruba-Gottheiten, die in der afrikanischen Kultur verwurzelt sind. Diese Praxis geht auf die Zeit der Sklaven zurück, die gezwungen waren, den Katholizismus anzunehmen, und einige katholische Heiligenfeiern übernahmen, indem sie sie mit ihren eigenen Götterfiguren identifizierten. Religiöser Synkretismus oder doppelte kulturelle Zugehörigkeit? Wie dem auch sei, es gibt ein echtes afrikanisches Kulturerbe, dessen Ahnenverehrung eine anhaltende Praxis in der puertoricanischen Gesellschaft bleibt. Die letzte Gemeinde, in der die Nachkommen von Sklaven leben, befindet sich in der Stadt Loíza. Hier findet jedes Jahr im Juli das Festival de Santiago Apóstol statt, bei dem diese einzigartige Mischung aus afrikanischen und spanischen katholischen Traditionen zum Klingen gebracht wird.
