Seit dem spanischen Vizekönigreich war der Präsidentenpalast das politische Zentrum des Landes und ist auch heute noch Sitz der Exekutive. Jeden Morgen um 7 Uhr diskutiert Präsident López Obrador eineinhalb Stunden lang mit der Presse während der berühmten Mañanera. Über dem monumentalen Hauptportal hängt die berühmte Freiheitsglocke, die Pfarrer Hidalgo am 15. September 1810 in Dolores (Bundesstaat Guanajuato) zum ersten Mal läutete und damit den Beginn des mexikanischen Unabhängigkeitsprozesses markierte. Zum Gedenken an dieses Ereignis wird die Glocke jedes Jahr an diesem Tag um 23 Uhr geläutet, während der amtierende Präsident der Republik einen öffentlichen Auftritt auf dem Balkon hat und den "Grito de Dolores" ausruft. Im Jahr 2010 wurde innerhalb des Komplexes ein neuer Ausstellungsbereich eröffnet: Die Galería Nacional zeigt institutionelle Dokumente, die mit der Geschichte des Landes in Verbindung stehen.

Vor allem hier sind die Fresken zu sehen, die Diego Rivera zwischen 1929 und 1935 malte. Sie stellen mehr als 200 historische Persönlichkeiten dar und sollen die nationale Identität verherrlichen, von der glorreichen indigenen Vergangenheit bis hin zu den Kämpfen der Arbeiter und Bauern, die während der Revolution ihren Höhepunkt erreichten.

In dem von der Haupttreppe gebildeten Kub us befindet sich sein Hauptwerk. Auf der Nordseite der Treppe steht die Toltekenkultur im Mittelpunkt, als Repräsentant für alle prähispanischen Zivilisationen: Der Priester Quetzalcóatl lehrt hier sein Volk, bevor er ins östliche Exil gehen muss - ein Symbol für die angekündigte Niederlage gegen die Spanier, die durch seine Wiedergeburt als gefiederte Schlange gemildert wird.

Im mittleren Teil der Treppe, der vom Nationaladler beherrscht wird, wird die spanische Eroberung durch die Einnahme von Tenochtitlan dargestellt, und die geistige Auferlegung nimmt die Form von Franziskaner- und Dominikanermönchen an. Dann folgen Szenen aus dem diesmal unabhängigen Mexiko: die nordamerikanische Intervention von 1847; die zweite französische Intervention und die Hinrichtung von Maximilian von Habsburg; die liberale Reform von 1857; die Revolution.

Auf dem Südflügel der Treppe entwickelte Diego Rivera seine bevorzugten Themen: den Übergang von einer kapitalistischen Wirtschaft zu einer sozialistischen Gesellschaft, in der Arbeiter und Bauern ihr Schicksal zurückerobern, das durch das Privateigentum an den Produktionsmitteln in den Händen der nationalen und internationalen Eliten beschlagnahmt worden war. Die intellektuelle Rache an der Macht der Kirche wird durch die Volks- und Pflichtschulbildung für alle symbolisiert. Unter der aufgehenden Sonne weist Karl Marx höchstpersönlich einen Bauern, einen Arbeiter und einen Soldaten auf das Ideal der Gleichheit hin, das die Grundlage dieser neuen Gesellschaft bildet.

Entlang des nördlichen Korridors demonstriert Rivera seine umfassenden Kenntnisse der prähispanischen Kulturen: der Markt von Tlatelolco; der Anbau von Baumwolle, Kakao, Mais und der Agave, aus der Pulque gewonnen wird; die Kunst des Goldschmiedens und der Federherstellung; die Zahlung des Tributs in bar; die Deutung von Orakeln; der Bau von Pyramiden und das Anlegen von Straßen; das heilige Ritual der Voladores, das aus Veracruz stammt.

Der letzte Raum befindet sich entlang des Ostkorridors, der als "Landung der Spanier" bekannt ist; Rivera behandelt hier die Dekadenz und den Untergang der prähispanischen Zivilisationen, die durch Rassenmischung, Krankheiten, die Einführung europäischer Nutztiere und ein neues Produktionssystem symbolisiert werden, das unter anderem durch die Ankunft afrikanischer Sklaven gekennzeichnet ist.