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Die beiden Prespaseen (Λίμνες Πρέσπες/Limnes Prespes) werden von Griechenland, Nordmazedonien und Albanien geteilt. Sie liegen 853 m über dem Meeresspiegel, haben eine theoretische Fläche von 306 km² und sind eines der wichtigsten Vogelschutzgebiete Europas: Hier leben, verweilen oder nisten etwa 42 % der auf dem Kontinent registrierten Vogelarten. Eine 4 km lange und 500 m breite Landenge trennt den Prespasee (oder großen Prespasee) vom kleinen Prespasee. Der südlich gelegene Prespasee erstreckt sich über 46,8 km² und liegt hauptsächlich in Griechenland (4,3 km² in Albanien). Der große See wiederum erstreckt sich über 259 km² zwischen dem Berg Galičica (2.254 m) und dem Berg Baba (2.601 m) in Nordmazedonien und dem Mali i Thatë ("trockener Berg", 2.287 m) in Albanien. Nordmazedonien besitzt den größten Teil des Landes: 176,3 km². Der Rest verteilt sich auf Albanien (46,3 km²) und Griechenland (36,4 km²).

Inseln und biologische Vielfalt. In beiden Seen gibt es drei Inseln. Im großen Prespasee befinden sich die unbewohnten Inselchen Golem Grad (18 ha) in Nordmazedonien und Maligrad (5 ha) in Albanien. Die Insel Agios Achillios (80 ha) im kleinen Prespasee in Griechenland hat etwa 20 Einwohner. Der Tourismus ist nicht sehr ausgeprägt. Die Region ist jedoch reich an Biodiversität mit Sumpf- und Schilfgebieten, endemischen Fisch-, Krebs- und Wasserpflanzenarten sowie etwa 400 Wasserbüffeln im griechischen Teil des kleinen Sees. Der See ist ein wichtiger Rastplatz für Zugvögel aus Afrika und dem Nahen Osten. Hier finden sich große Watvögel wie der Silberreiher (Egretta garzetta), der Schreiadler (Ardea alba), der Falkenibis (Plegadis falcinellus) oder der Nachtreiher ( Nycticorax nycticorax) und Fischervögel wie die Zwergscharbe ( Microcarbo pygmeus), der Weiße Pelikan ( Pelecanus onocrotalus ) oder der sehr seltene Krauskopfpelikan (Pelecanus crispus). Letzterer ist mit einer durchschnittlichen Flügelspannweite von 3 m der größte Pelikan. Er hat die Prespa-Seen zu seinem einzigen Brutplatz in Europa gemacht.

Ramsar und Unesco. Alle drei Teile der beiden Seen sind in die Ramsar-Konvention über Feuchtgebiete aufgenommen worden: der griechische Teil (51 km²) seit 1975, der nordmazedonische Teil (189 km²) seit 1995 und der albanische Teil (151 km²) seit 2013. Dieser Komplex wird außerdem von vier Nationalparks begrenzt: den Nationalparks Galičica (227 km²) und Pelister (171 km²) in Nordmazedonien, dem Prespa-Nationalpark (277 km²) in Albanien und dem Prespa-Nationalpark (51 km²) in Griechenland. Hinzu kommen zwei internationale Schutzgebiete. Im Jahr 2000 wurde der "Prespa-Park" zwischen Nordmazedonien, Albanien und Griechenland gegründet. Und seit 2014 sind die in Nordmazedonien und Albanien gelegenen Gebiete der beiden Prespa-Seen Teil des von der UNESCO eingerichteten "grenzüberschreitenden Biosphärenreservats Ohrid-Prespa". Dieses erstreckt sich über eine Fläche von 4.462 km² zwischen den beiden Ländern. Trotz all dieser Schutzmaßnahmen bleibt das Ökosystem anfällig. Die Fläche der beiden Seen nimmt aufgrund der globalen Erwärmung von Jahr zu Jahr ab. Mehrere endemische Arten sind vom Aussterben bedroht, darunter die Prespa-Forelle (Salmo peristericus). Im Jahr 2022 führte ein Ausbruch der Vogelgrippe zum Tod von über 1 700 Krauskopfpelikanen, was etwa 60 % der Kolonie an den beiden Seen entsprach. Eine Katastrophe für diese Art, die bis dahin weltweit weniger als 18.000 Individuen zählte.