Die Gedenkstätte wurde 1947 von der tschechischen Regierung eingerichtet und bewahrt das Gelände des Durchgangslagers so, wie es zur Zeit des Naziterrors war. Um es zu besuchen, muss man sich zu verschiedenen Gedenkstätten begeben, die relativ weit über das Gebiet der Gemeinde Terezin verstreut sind.

Das Polizeigefängnis in der kleinen Festung. 1940 eröffneten die Nazis in der kleinen Festung, die im 18. Jahrhundert für die Militärstadt gebaut worden war, ein Gefängnis. 32.000 Gefangene lernten diese Kerker kennen, bevor sie in ein Todeslager geschickt oder vor Gericht gestellt wurden. Von Jahr zu Jahr wurden die Lebensbedingungen der Gefangenen härter. Die meisten arbeiteten außerhalb des Gefängnisses in Nazi-Unternehmen und trugen so zu den Kriegsanstrengungen des Deutschen Reichs bei. Ab 1943 führten die Nazis Hinrichtungen ohne Gerichtsverfahren durch; zwischen 1943 und 1945 wurden 250 Menschen erschossen. Doch abends trafen sich die Gefangenen in ihren Zellen heimlich, um ihrer verhöhnten Existenz einen Sinn zu geben. Theresienstadt war für viele ein Lager für Künstler und Intellektuelle, die gegen das Regime waren, und die Häftlinge organisierten dort Liederabende, Lesungen, Theaterstücke, Konzerte und - unter der Leitung von Rabbinern und Priestern, die selbst eingesperrt waren - Gebetswachen. Die Ausstellung in der kleinen Festung zeigt einige der Tausenden von Zeichnungen und Gedichten, die von den Gefangenen angefertigt wurden, die hier einen Weg fanden, den Schrecken ihres Alltags zu überwinden.

Das Ghetto-Museum. Ab November 1941 jagten die Nazis im Rahmen der Endlösung die Juden in Mitteleuropa und deportierten sie nach und nach nach nach Theresienstadt, wo sie sie zunächst in den Baracken des Lagers (Magdeburger Baracken) unterbrachten. 1942 räumten die Nazis die Stadt Theresienstadt gewaltsam und beschlagnahmten die Gebäude, um mehr Juden einzusperren; bald waren die Dachböden, Keller und sogar die Kasematten der Stadtmauer mit Häftlingen überfüllt. Während des gesamten Bestehens des Ghettos Theresienstadt wurden 155.000 Menschen unter diesen schrecklichen Bedingungen interniert, die einer schlechten Hygiene und dem Hunger ausgesetzt waren. Die Nazi-Kommandantur ließ ihren Opfern jedoch eine gewisse kulturelle und künstlerische Freiheit, um die wahre Natur ihrer Einkerkerung zu verschleiern. Die jüdischen Intellektuellen und Künstler im Ghetto machten das Leben dort weniger unerträglich, indem sie von den Nazis genehmigte kulturelle Veranstaltungen organisierten. Dieser Aspekt der Deportation wird in der Magdeburg-Kaserne ausgestellt. Hier wird das künstlerische Leben im Ghetto dargestellt und wie die eingesperrten Juden mit improvisierten Mitteln weiterhin Musik, Literatur und Theater praktizierten, um die Gefangenschaft "lebenswerter" zu machen oder zumindest dabei zu helfen, die schrecklichen Lebensbedingungen zu ertragen. Leider, während Transporte jeden Tag weitere Gefangene brachten, fuhren andere Züge ab, die Juden aus dem Ghetto ins Ungewisse brachten.

Der jüdische Friedhof und das Krematorium. Die Toten des Ghettos wurden in Einzelgräbern oder in Massengräbern beigesetzt. Im September 1942 ließen die Nazis ein Krematorium errichten, in dem 20-30.000 Tote verbrannt wurden. Die Urnen mit der Asche wurden in Kolumbarien aufgestellt, aber die Nazis zerstörten diese noch vor Kriegsende und die Asche wurde in den nahegelegenen Fluss Ohre gestreut, in dessen Nähe 1955 die Gedenkstätte errichtet wurde.