Der Park ist in zehn Basen(núcleos) unterteilt, die für Besucher geöffnet sind.

Der núcleo Curucutu in Itanhaém erstreckt sich über 12.029 ha. Hier gibt es zwei Wanderwege (einen leichten und einen mittelschweren). Geöffnet ist der Park dienstags bis sonntags von 8:30 bis 17:00 Uhr.

Die anderen Eingangstore zum Park von Südwesten nach Nordosten sind :

Núcleo Itariru (in Pedro de Toledo). 50.000 ha. Besitzt einen Wanderweg, den Trilha da Usina, der an den Ruinen eines alten Wasserkraftwerks vorbeiführt, das 1944 erbaut wurde. Geöffnet von 8:00 bis 17:00 Uhr.

Núcleo Itutinga-Pilões (in Cubatão). 43.800 ha reich an endemischen Arten, Ruinen aus der Zeit der Kolonialisierung des Landes und historischen Pfaden. Drei Wanderwege (Reservierung erforderlich). Geöffnet am Samstag von 9-12 Uhr oder an anderen Tagen von 9-17 Uhr nach vorheriger Anmeldung.

Núcleo Bertioga. 30.000 ha. Diese Basis wurde 2010 eingerichtet, um die Verwaltung einer Erweiterung des núcleo Itutinga-Pilões zu verbessern.

Núcleo Padre Dória (in Salesópolis). 26.154 ha. Diese Basis wurde 2014 eingerichtet, um die Verwaltung von Teilen der núcleos São Sebastião, Bertioga e Caraguatatuba zu verbessern.

Núcleo de São Sebastião. 26.268 ha Wald und Sumpfgebiet. Schönes Panorama auf den Ozean. Mehrere Wanderwege mit unterschiedlichen Schwierigkeitsgraden und Bademöglichkeiten. Der von Praia Brava mündet in den Strand. Geöffnet von 8:00 bis 17:00 Uhr, Besuche nach vorheriger Anmeldung.

Núcleo Caraguatatuba. 35.947 ha, auf denen sich verschiedene Wasserfälle und Flüsse befinden. Acht Wanderwege, einige davon mit Bademöglichkeit. Dienstag bis Sonntag von 8:00 bis 17:00 Uhr geöffnet. Zugang zu den Wanderwegen bis 16 Uhr.

Núcleo Picinguaba (Umgebung von Ubatuba). 47.500 ha, ist die einzige Basis, die auf Meereshöhe liegt. Von den Parkführern organisierte Wanderungen und Kanufahrten. Reservierung im Voraus erforderlich. Täglich von 8:00 bis 17:00 Uhr geöffnet.

Núcleo Santa Virginia (in São Luiz do Paraitinga). 17.500 ha. Sechs Wanderwege mit unterschiedlichen Schwierigkeitsgraden, die oft an den Ufern der Flüsse Paraibuna und Ipiranga vorbeiführen. Dienstag bis Sonntag von 8:00 bis 17:00 Uhr geöffnet.

Núcleo Cunha (im Hinterland). Mitten in der Mata Atlântica, 20 km auf der Schotterpiste von Cunha entfernt, erstreckt sich der Stützpunkt Cunha des Parque Estadual da Serra do Mar über 14.000 ha und bietet drei Wanderwege für Wanderer. Auch weniger geübte Wanderer können ohne Führer den 50-minütigen Weg gehen und die Wasserfälle und kleinen natürlichen Pools zum Baden nutzen. Sportliche Menschen sollten sich im Voraus mit der Verwaltung in Verbindung setzen, um zu buchen und mit einem Führer loszuziehen. Täglich von 8:00 bis 17:00 Uhr geöffnet.